機構的利益衝突狀況也與個人層次相仿，當機構（例如醫院、大學）因為考量經濟、政治的次要利益而影響了機構主要任務，如：研究、教育、公眾服務等，導致該機構違背專業、倫理、法律、或是社會責任時，即可能發生機構的利益衝突。此外，機構並無自行「思考｣或「決定」的能力，其主要任務（主要利益）是由經由機構成員的判斷、抉擇而產生的，因此機構成員的次要利益因素也會影響到機構的主要利益而產生問題。

A situation in which an institution (such as a university) has financial, political, or other interests which are likely to bias institutional decision-making concerning the performance of institutional ethical or legal duties. (NIH)An institution has a conflict of interest when financial, political, or other interests of the institution or its leaders are likely to undermine the institution’s ability to fulfill professional, legal, ethical, or social responsibilities. (紅色的書)

蔡甫昌（2021）。研究中的利益衝突。臺灣學術倫理教育資源中心。http://ethics.moe.edu.tw/

1. Resnik D. B. (2015). Glossary of Commonly Used Terms in Research Ethics. National Institute of Environmental Health Sciences 

2. Shamoo A. E., & Resnik D. B. (2009). Responsible Conduct of Research. Oxford University Press.  

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