自主（autonomy）

醫學研究中所涉及的議題包括有限自主權者（如精神病患）、特殊機構中的個人（如囚犯、軍人）與研究人員／醫師與受試者／病患之間的權力不對等等課題。所謂的「有限自主權者」，如精神病患、受到藥物嚴重影響的病患、長期慢性病患者、以及未成年者，由於他們的決定能力缺乏或有限，所以必須由法定代理人代其決定。有關評估個人行使完全自主權的標準，研究人員則可向研究倫理委員會（REC/IRB）／機構審查委員會（IRB）尋求協助，至於特殊機構中的個人（institutionalized），如囚犯、軍人、學生及員工等，研究人員必須特別注意，在取得其知情同意的過程裡，受試者是否處在一種無法自由做出決定的情境中，被一種無形的結構加以制約，在這種情境或條件之下，個人的自主可能是受限制的。

研究人員也必須特別注意，是否已給受試者充足的時間去考慮自己的決定，受試者是否可能被誘人的酬勞吸引而影響他們的自願性，此豐厚酬勞可能變成一種強迫因素，嚴重影響受試者的自主決定。至於「研究人員／醫師與受試者／病患之間的權力不對等」問題，Spiro 與 Cassel 指出在某些研究人員／醫師與受試者／病患的關係中，研究人員／醫師因為完全掌握了受試者／病患的情況，所以幾乎可以說服受試者／病患去作任何他們要求的事情，這種特殊權力關係，使得某些研究人員／醫師完全操控了他們的受試者。就此現象 Beecher 認為受試者自主權的保護不能完全依靠知情同意的取得，更要關注受試者經常受到機構或結構性的制約、間接的操控與脅迫之事實。因此，在生物醫學研究過程中，至少需要兩位醫師或專家參與，其中一位只為受試者／病患的利益著想，另一位則關注研究行為是否合乎規範。